南京的三本大学中，以下几所是较好的选择：
南京理工大学泰州科技学院：
学校为中国顶尖独立学院。
南京大学金陵学院：
学校为中国顶尖独立学院。
中国传媒大学南广学院：
学校为中国顶尖独立学院。
东南大学成贤学院：
学校为中国一流独立学院。
南京航空航天大学金城学院：
学校为中国高水平独立学院。
南京师范大学中北学院：
是南京比较好的三本大学之一。
南京中医药大学翰林学院：
是2005年5月经教育部批准设立的独立学院。
南京邮电大学通达学院：
学校为中国知名、区域一流独立学院。
南京工业大学浦江学院：
去年是低二本线20分左右，个人评价不错。
南京审计学院金审学院：
去年分也是将近二本的水平。
建议根据个人兴趣、专业偏好及分数情况，选择合适的院校进行报考。同时，可以咨询各院校的招生办公室，获取最新的招生简章和录取情况。