1999年中国大学排名中，清华大学排名第一，北京大学紧随其后。以下是前10名的详细排名：
1. 清华大学 100.00分
2. 北京大学 99.61分
3. 南京大学 91.86分
4. 复旦大学 90.23分
5. 中国科学技术大学 89.97分
6. 中国协和医科大学 87.60分
7. 浙江大学 87.36分
8. 上海交通大学 85.18分
9. 南开大学 80.00分。
建议：
清华大学和北京大学在1999年的大学排名中占据前两名，显示出它们在当时的学术实力和影响力。
其他高校如南京大学、复旦大学和中国科学技术大学等也表现优异，位列前10。
这些排名信息可以帮助了解1999年中国高等教育的整体格局和主要高校的学术地位。