南京医科大学作为医学类重点大学，其研究生教育质量和教研实力都很强，因此考研难度相对较高，但并非不可逾越。以下是针对三本医学院校毕业生报考南京医科大学研究生的详细建议：
报考资格
拥护中国共产党的领导，品德良好，遵纪守法。
学历条件需符合下列条件之一：
国家承认学历的应届本科毕业生及自学考试和网络教育届时可毕业本科生。
具有国家承认的大学本科毕业学历的人员。
获得国家承认的高职高专毕业学历后2年以上，并达到与大学本科毕业生同等学力的人员，且须通过全国大学英语六级考试（或≥425分）。
专业选择
南京医科大学在医学领域内有着较高声誉和较为深厚的学科积淀，研究生教育质量较高。建议考生根据自己的兴趣和研究方向，有针对性地选择报考专业。
对于三本医学院校的学生，可能并不具备直接报考临床医学或生物医学的条件，因此中药学或中医学可能会是更为适合的方向。这些方向的专业课程相对较为基础，难度较小，考生可以通过加强专业知识的理解和掌握，在考研中获得更好的成绩。
考试难度
南京医科大学考研难度适中，不在大学考研难度排名前100名单之内，但具体难度还需结合个人实际情况和备考情况。
医学类考研相对较难，南京医科大学尤其如此，不通过一番努力是不可能成功的。
录取分数线
不同专业的考研录取分数线不同。例如，神经病学专业的总分需在285分以上，单科成绩在38分和114分以上才能进入复试；精神病与精神卫生学专业的总分也需在285分以上，单科成绩在38分和114分以上。
备考建议
仔细研究南京医科大学公布的考研大纲和考试内容，做到有的放矢，提高复习效率。
加强专业知识的理解和掌握，尤其是基础课程和核心课程。
通过全国大学英语六级考试（或≥425分），以满足部分专业的报考条件。
复试前选择加试两门本科主干课程，如生理学、生物化学、免疫学及病理学等，以应对部分专业的加试要求。
综上所述，三本医学院校毕业生报考南京医科大学研究生需要充分了解报考条件，选择合适的专业方向，制定科学的备考计划，并付出足够的努力和时间，才能成功考取理想的研究生学位。