关于民办大学本科在日本是否被承认，情况比较复杂，以下是一些关键点：
日本对中国学历的认可
日本主要承认中国正规高等教育机构的学历，包括公立和部分民办本科。
民办大学的学历在日本可能不如公立本科那样受到认可。
教育部认证
可以在教育部下属网站上进行认证的学历在日本是被承认的。
只有统一注册的毕业证书才是被认可的。
日本大学的评估标准
日本大学在评估中国学生的学历时，会考虑学历层次、学校背景以及教育质量等因素。
部分日本大学可能承认民办本科的学历，但具体是否承认需根据目标大学的招生政策及学生具体情况而定。
个别情况
有的民办大学，如吉利大学，其本科学历可能得到教育部的认可。
有的民办大学考试与高自考一起，通过则颁发高自考证书，这个证书也是教育部认可的。
注意事项
建议有意向在日本升学或工作的学生，提前了解目标学校和机构的具体要求。
对于那些教育质量较低、只需交钱就能上的民办大学，其学历在日本可能不被承认。
留学申请
如果您的毕业证是民办的，且教育网上查不到学籍信息，可能需要通过其他途径证明其有效性，例如通过目标大学的招生要求或咨询专业的留学中介机构。
综上所述，民办大学本科在日本是否被承认取决于多个因素，包括学校背景、教育质量以及是否得到教育部的认证等。建议您针对具体情况做详细调查，或咨询专业的留学顾问