民办大学三本和独立学院的区别主要体现在以下几个方面：
办学主体
民办大学：由社会力量或个人投资举办，具有独立的法人资格，实行董事会领导下的校长负责制。民办高校可以包括本科和专科层次。
独立学院：由普通高校与社会力量合作举办，一般以本科高校为主体，具有独立的法人资格，能够独立承担民事责任。独立学院通常设在某个大学的名下，可能和挂名的大学同在一个校园，也可能有师资等方面的共享和交流。
办学层次
民办大学：包括本科和专科层次。
独立学院：一定是本科层次，实施本科以上学历教育。
学历证书
民办大学：毕业生可以获得国家承认的学历证书和学位证书，毕业证书上加盖学校校名的印章。
独立学院：毕业生也可以获得国家承认的学历证书和学位证书，但毕业证书上加盖的是某某大学某某学院的印章。
学费
民办大学：学费较高，一般学费在16000-30000元/年之间。
独立学院：学费相对于民办高校较低，一般学费在16000-20000元/年之间。
社会认可度
民办大学：社会认可度逐渐提高，但仍有部分家长和学生对其认知度不高。
独立学院：由于借用母体高校的名号，社会认可度相对较高，尤其是那些与知名高校合作的独立学院。
发展趋势
民办大学：发展历史较长，逐渐形成了自己的品牌和教育特色。
独立学院：近年来面临转设的命运，有的转为民办，有的转为公办，有的甚至终止办学。
建议
选择独立学院：如果学生在选择三本院校时，可以考虑那些与知名高校合作的独立学院，因为它们通常具有较高的教学质量和较好的就业前景。同时，独立学院的学费相对较低，性价比较高。
选择民办大学：如果学生更看重学校的独立性和自主性，或者希望选择专科层次的教育，民办大学也是一个不错的选择。民办大学的学费虽然较高，但可以提供更多的专业选择和发展机会。
总之，学生在选择三本院校时，可以根据自己的需求和目标，综合考虑办学主体、办学层次、学历证书、学费以及社会认可度等因素，做出最适合自己的选择。