三本大学学费上涨的原因是多方面的，主要包括以下几点：
教育资源分配不均：
国内教育资源在南方和大城市较为丰富，而北方和西南地区则相对匮乏。这导致很多学生只能选择省内的本科学校，使得三本学校的竞争变得激烈，进而推高了学费。
教育投资支出不足：
三本学校的学费主要用于维持学校的运转和基本支出，而教育投资经费的缺乏直接影响了教学、科研、师资和设施建设水平。因此，学校只能通过提高学费来改善教育环境和教学质量。
普及率低影响办学效益：
由于高等教育的普及率不够，三本大学的办学规模较小，生源质量相对较低。这使得三本大学难以获得更多的优质教育资源，进一步影响了其办学效益和市场竞争力，从而推高了学费。
师资队伍需求不同：
三本大学对师资队伍的要求较高，不仅需要高水平的学术水平，还需要丰富的职业教育认知和技能储备。这导致招聘难度大和费用高，进一步增加了学校的运营成本。
经济压力和考试路数：
三本学校的学生大多来自经济条件较差的家庭，经济压力较大。同时，三本大学的录取分数线较低，学生需要支付更高的学费来获得本科文凭。
国家拨款少：
三本大学作为本科中垫底的存在，接受到的财政拨款较少，无法满足学校的开支和建设需求，因此只能通过增加学费来维持运营。
学生基础条件差：
三本院校的学生基础普遍较差，学校需要投入更多资源进行教学，这也增加了教育成本。
商业性经营模式：
三本大学多为商业性经营模式，学校建设和运营资金主要依赖学生学费，而非国家财政拨款。
物价上涨：
随着物价的普遍上涨，大学的运营成本增加，如果学费保持不变，学校的财务压力会加大，因此学费也需要相应上涨。
市场竞争和排名压力：
大学为了提高自身的竞争力和排名，需要加大投入，提供更多的教育资源和优质的教学环境，这同样意味着学费的上涨。
综上所述，三本大学学费上涨的原因是多方面的，涉及教育资源分配、教育投资、办学效益、师资队伍需求、经济压力、国家拨款、学生基础条件、商业性经营模式、物价上涨以及市场竞争等多个因素。