民办大学的学费标准由 民办学校自行确定，并需进行备案。具体来说，根据《民办教育收费管理暂行办法》的规定，民办学校有权自主确定非学历教育受教育者的学费和住宿费标准。在确定这些标准后，学校需要携带办学许可证、法人登记证书及《民办学校非学历教育收费标准备案表》报学校所在区县的价格主管部门备案，完成备案后方可对外发布。
此外，虽然国家层面对民办高校的收费问题没有统一规定，但各省可以根据自身情况制定相关政策。例如，江苏省的民办高校收费由财政厅制定相关政策规定，而陕西省则放开了民办高校收费政策，由民办高校自行决定。
对于非营利性民办本科高校的全日制本、专科专业学费和学生住宿费，则纳入政府指导价管理，实行最高限价。这些收费标准的制定需要遵循合法性、公平性、公益性原则，并综合考虑学校办学成本、市场需求、学校类型、专业类别，以及经济社会发展水平、学生和家庭承受能力等因素。
综上所述，民办大学的学费标准制定主要依据《民办教育收费管理暂行办法》及各省份的具体政策。对于非营利性民办本科高校，学费和住宿费还需遵守政府指导价的相关规定。