三本民办公办大学的主要区别体现在以下几个方面：
主办方不同
公办三本：由各大高校负责管理，民间投资建校的一种三本模式。依托本部的资源，属于高考统招，毕业证是国家承认的。
民办三本：由企业、社会团体和公民个人等主办的大学，没有政府资金支持，学校自负盈亏。
社会认可度
公办三本：由于公办本科院校具有较高的学术水平和声誉，其毕业生在就业市场上更具竞争力，受到企业的认可度也更高。
民办三本：虽然学费较高，但社会认可度相对较低，部分民办三本大学是经批准的省属普通本科院校，按教育成本收取学费。
学费
公办三本：学费相对较低，因为国家会提供一定的财政补贴。
民办三本：学费通常较高，因为学校需要依靠学费来维持运营。
教学方向与课程设置
公办三本：通常承担国家高等教育的使命，偏重基础学科的研究和教学，课程设置较为传统和稳定。
民办三本：更加注重市场需求和就业导向，课程设置更加灵活多样，可能会根据市场需求调整专业设置和课程内容。
学生未来规划
公办三本：学生考研成功率较高，学校会更注重学生考研和学业，提供更多的学习资源和社会资源。
民办三本：学生可能更倾向于直接就业，学校会更注重培养学生的实践能力。
师资力量
公办三本：教师通常具有较高的学术水平和丰富的教学经验，学校对教师的师资把控较严格。
民办三本：师资力量参差不齐，虽然有些民办学校会聘请一些退休的教授或兼职教师，但整体师资水平可能不如公办高校。
学校层次与声誉
公办三本：一般被认为是三本院校，但在某些情况下，也可能被定为国有高校实行新的管理模式和运行机制的试点单位。
民办三本：普遍被认为是三本院校，声誉和学术水平相对于公办本科可能存在一定的差距。
总的来说，三本民办公办大学在主办方、社会认可度、学费、教学方向与课程设置、学生未来规划、师资力量以及学校层次与声誉等方面存在明显的差异。选择学校时，学生应根据自己的兴趣、经济条件、职业规划等因素进行综合考虑。