日本最有名的一本大学是 东京大学。东京大学（The University of Tokyo，日文平假名：とうきょうだいがく），简称东大（とうだい），是一所本部位于日本东京都文京区的世界级著名研究型综合大学。作为日本最高学术殿堂和七所旧帝国大学之首，东京大学在全球都享有极高的声誉。它诞生于1877年，由“东京开成学校”与“东京医学校”在明治维新期间合并改制而成，初设法学、理学、文学、医学四个学部和一所大学预备学校，是日本第一所国立综合性大学，也是亚洲最早的西制大学之一。
东京大学在多个排名中均位列日本第一，例如在2016年CWUR世界大学排名中名列世界第13位、日本第1位；在2019ARWU世界大学学术排名中位列世界第25位。截至2014年，东京大学培养了包括9名诺贝尔奖得主、6名沃尔夫奖得主、1名菲尔兹奖得主、16位日本首相、21位（帝国）国会议长在内的一大批学术名家、工商巨子、政界菁英，在日本国内的影响力和知名度都无可比拟。
此外，京都大学、大阪大学和早稻田大学也被认为是日本顶尖的大学。京都大学是日本历史最悠久和最著名的大学之一，以其研究成果和学术独立精神著称。大阪大学位于大阪市的这所大学是日本国内规模最大的研究型大学之一，涵盖广泛的学术领域，并注重创新和科研。早稻田大学成立于1882年，是日本最大的私立综合性大学之一，其强项包括法学、经济学、政治学、国际关系学、商业管理等社会科学领域，此外也有颇具竞争力的理学、工学等学科。