不是所有的民办院校都是三本院校。民办大学与三本院校是不同的概念，民办大学是指办学性质，而三本是指录取批次。民办本科院校经过国家评核通过也可以升级为二本院校。
民办大学的定义：
民办大学是指由社会力量举办、国家承认学历的普通高等学校，它们与公办大学一样，都是中国高等教育体系的一部分。
三本院校的录取批次：
三本院校通常是指在高考录取中，录取分数在本科第三批的院校。但随着教育改革的深入，许多省市已经取消了三本批次，将原来的三本批次学校合并到了二本批次。
民办院校与二本院校的关系：
虽然绝大多数民办本科院校属于三本批次招生，但也有部分民办本科院校具备录取第二批考生的资格，甚至有的民办本科院校已经升级为二本院校。
毕业证上的标注：
在一些省市，即使民办本科院校升级为二本院校，其毕业证上仍会标注为“二本”，而不是“一本”。
综上所述，民办大学并不都是三本院校，它们之间存在不同的录取批次和办学层次。随着教育改革的推进，一些民办本科院校已经能够招收二本批次的学生，并且有些已经成功升级为二本院校。因此，不能一概而论地认为所有民办大学都是三本院校。