南京大学不会歧视三本学生。虽然存在一些关于歧视的传闻或感觉，但根据多数信息，南京大学作为国内知名的“985工程”和“211工程”院校，在研究生招生中通常不会对三本学生有明显的歧视。以下是一些支持这一观点的证据：
保护一志愿，不歧视本科出身：
南京大学被认为是一所保护一志愿的院校，不会歧视本科出身，更看重的是学生的成绩和表现。
成绩导向：
南京大学喜欢拿成绩来说话，初试分数高的情况下，一切皆有可能。每年都有不少二本或三本学校的学生成功考取南京大学。
公平性：
从南大的角度看，留在本校读研的学生中高手少了很多，考进来的本科一般都是弱于南大的，所以大家基本平等。
面试公平：
虽然存在个别导师在面试时可能存在的歧视现象，但这并不是普遍情况。最终录取还是看最后的分数排名，面试只是占成绩的一部分。
综上所述，南京大学在研究生招生中，总体上是公平的，不会对三本学生有明显的歧视。如果你有意报考南京大学，建议你在准备过程中注重提升自己的成绩和实力，以增加录取的竞争力。