东南大学被称为“福建大三本”的梗主要源于以下几点：
校名与地域的误解：
东南大学的校名中含有“东南”二字，而福建有一个著名的电视台叫做东南卫视，导致很多人误以为东南大学位于福建省。实际上，东南大学位于江苏省南京市，是一所985和双一流高校。
知名度与低调性的对比：
由于东南大学在福建省的知名度不如厦门大学等高校，很多人对它的实力了解不多，因此将其误认为是一所三本院校。
网络梗的传播：
这个梗在网络上广泛传播，甚至东南大学的学生也自黑地接受了这个称呼。
尽管东南大学实际上是一所实力不俗的985高校，但这个梗依然被广泛使用，反映了人们对大学名称和地域的常见误解。