焦作市内的本科大学有两所，分别是 河南理工大学和黄河交通学院。
河南理工大学
河南理工大学的前身是1909年成立的焦作路矿学堂，是中国第一所矿业高等学府和河南省建立最早的高等学校。学校是中央与地方共建、以地方管理为主的河南省特色骨干大学，也是河南省人民政府与原国家安全生产监督管理总局共建高校，入选了多项国家级和省级项目。
黄河交通学院
黄河交通学院是河南省唯一的交通类普通本科高校，专注于培养交通运输人才。学院是教育部批准的河南省唯一一所以培养交通运输人才为特色的应用型本科高校。
综上所述，焦作市内的两所本科大学分别为河南理工大学和黄河交通学院，其中河南理工大学为公办大学，黄河交通学院为民办大学。