南京林业大学的“本三”实际上是指 南京林业大学的独立学院，即南方学院。南方学院的学生在头两年会在淮安校区学习，后两年则回到南京林业大学本部继续学习。虽然南方学院是独立学院，但它与南京林业大学本部共享相同的师资力量和教学资源，包括图书馆、教室等。
南方学院的学生在毕业时获得的证书上会注明“南方学院”字样，以区别于南京林业大学本部和本二的学生。在学习方面，除了宿舍是分开的，其他如体育课、实习等都与本科一年级和二年级的学生一起进行。
需要注意的是，南京林业大学并没有设立三本专业，其本科专业主要分为一本和二本批次进行招生。