南京地区三本会计大学排名如下：
南京审计大学：
南京审计大学是财经类本科大学，以审计为特色，其会计专业在江苏省内及全国范围内都有一定的知名度和口碑。
南京师范大学泰州学院：
南京师范大学泰州学院是南京师范大学的独立学院，其会计学等专业也颇受好评。
南京财经大学红山学院：
南京财经大学红山学院是南京财经大学的独立学院，会计学等专业也具备一定的教学水平。
南京理工大学紫金学院：
南京理工大学紫金学院是南京理工大学的独立学院，虽然以理工科为主，但其会计学等专业也有一定的实力。
南京航空航天大学金城学院：
南京航空航天大学金城学院是南京航空航天大学的独立学院，其会计学等专业也较为知名。
建议在选择三本会计专业院校时，可以综合考虑学校的师资力量、专业设置、就业情况等因素，南京审计大学、南京师范大学泰州学院、南京财经大学红山学院、南京理工大学紫金学院和南京航空航天大学金城学院都是不错的选择。