民办大学和三本大学在性质、办学类型、招生标准、师资队伍、学科设置等方面存在一些区别：
性质和办学类型
民办大学：由社会力量自主投资创办，依法办学，接受社会监督。其办学经费主要来源于学费和社会捐赠。民办大学的学历与公办高校的学历具有同等法律地位，毕业生可以享受国家规定的待遇和权益，包括参加研究生考试和公务员考试等。
三本院校：指本科层次的普通高校中最低档次的学校，主要招收普通高中生，与一本和二本院校相对应。三本院校是由中央和地方政府投资创办，为公共利益服务的高等教育机构，其办学费用主要由政府财政拨款。三本院校的毕业生可以获得相应的学士学位，但其就业竞争力可能相对较弱。
招生标准
民办大学：招生标准较为灵活，可以根据学校的办学条件和市场需求自行设定。
三本院校：通常按照批次进行招生，一般属于本科第三批次，录取标准相对较低。
师资队伍
民办大学：师资队伍可能较为多元，既有资深教授，也有新引进的硕士、博士毕业生。
三本院校：师资队伍通常由公办高校的教师和社会力量合作举办，部分独立学院会依托母体高校的优秀教师资源。
学科设置
民办大学：学科设置较为灵活，可以根据市场需求和学校的办学特色进行调整。
三本院校：学科设置通常较为全面，涵盖多个学科门类，但可能不如一本和二本院校的专业设置精细。
教学质量和就业情况
民办大学：教学质量参差不齐，但一些民办大学在教学设施、师资力量等方面表现优秀，就业情况也较好。
三本院校：教学质量相对较弱，但毕业生可以获得国家承认的学士学位，就业竞争力可能因学校而异。
学费
民办大学：学费较高，一般每年在15000元至30000元甚至更高，主要依赖学费收入维持运营。
三本院校：学费也较高，但相对民办大学较低，一般在10000元至20000元之间，享受国家财政拨款。
建议
选择民办大学还是三本院校，需要根据个人情况和学业规划进行综合考虑。如果家庭经济条件允许，且对学术氛围和教学质量有较高要求，可以考虑民办大学。如果希望在本科阶段获得更全面的知识体系和更强的就业竞争力，可以考虑三本院校。无论选择哪种类型的高校，都应认真了解学校的办学条件和就业情况，做出明智的决策。