三本大学在学生完成所有学业并通过毕业论文答辩后，会发放本科学位证书。这些证书是由具有学位授予权的大学颁发的，且通常需要满足一定的条件，例如英语过四级或专业成绩达到一定学分等。
虽然三本的毕业证可能与重点本科或一般本科的毕业证有所不同，例如可能上面会显示二级学院的印章，但三本的毕业生仍然可以获得本科学士学位。此外，这些学位证是由各个省份盖章认证，因此具有全国承认的效力。
综上所述，三本大学发的是本科学士学位，且该学位在毕业时由具有学位授予权的大学颁发，满足一定条件后可获得，且全国承认。建议学生在毕业前确认好所有相关条件，以确保能够顺利获得学位证。