在日本，并没有像中国一样分为一本、二本和三本这样的分类方式。京都大学是一所位于日本京都市左京区的顶尖研究型大学，其学术声誉、教学质量和研究实力均属上乘，被誉为“科学家的摇篮”。
京都大学成立于1897年，最初名为京都帝国大学，是日本第二所帝国大学。在二战后，它逐渐发展成为涵盖人文社科与理工农医等多个学科门类的综合性国立高等学府，并在全球范围内享有盛誉。
京都大学的院系设置包括10个本科学部，分别是文学部、教育学部、法学部、经济学部、理学部、医学部、工学部、药学部、农学部、综合人类学部。此外，京都大学在全球范围内享有极高的声誉，其培育出的人才和学术成果享誉世界。
综上所述，京都大学是一所顶尖的研究型大学，不存在“三本大学京都大学”的说法。