大学毕业三年后申请日本签证的条件如下：
普通办理
年收入20万元以上，可直接办理三年多次签证。
年收入20万元以上，但首次赴日行程中需在冲绳县住宿至少一晚并开具酒店住宿证明，回国后需通过旅行社激活签证。
免财力证明
全国普通高等学校（由之前的74所变为1243所高校）的在校本科生、研究生以及毕业三年以内的往届生，无须资产证明，只要提供大学在学或学历证明，便可申请单次自由行签证。
多次往返签证
过去3年内以个人旅游签证赴日2次以上的中国游客，今后申请多次往返签证时的手续也将简化，无需提交经济证明类材料。
冲绳或东北六县住宿
在冲绳或东北六县住宿的场合，按照“指定三年多次签证”的类别办理，不属于此次放宽的对象范围。
研究生入学
可以先到某个大学办理研究生入学手续，然后更新留学签证，待找到工作后再变更为就职签证。
短期滞在签证
通过大学的教授出具书面材料，证明准备参加大学院考试，进入大学院学习，可以申请短期滞在签证。
由公司出具面试通知材料，以就职面试为由，也可以申请短期滞在签证。
建议：
如果满足上述条件中的任意一条，可以准备相应的材料进行申请。
如果计划在日本长期停留或工作，建议优先考虑更新留学签证或变更为就职签证。
如果首次赴日，建议选择冲绳或东北六县作为目的地，并按照规定办理相应的多次往返签证。