澳门大学提供多个博士专业，涵盖不同的学术领域。以下是部分博士专业目录：
人文学院
语言学（中文）
语言学（英文）
文学研究（中文）
文学研究（英文）
文学和跨文化研究（葡萄牙语）
应用语言学（葡萄牙语）
哲学和宗教研究
历史
工商管理学院
商业管理
会计
信息系统
决策科学
金融
商业经济学
管理
营销学
游戏管理
接待管理
社会科学学院
通讯
经济学
心理学
社会学
公共行政
政治学
法学院
法律哲学：宪法、基本法和行政法
民法、程序法和商法
比较法
刑法和程序法
欧洲联盟法
国际商法与争议解决
国际法
法学与法律史
技术与医学法
教育学院
教育
健康科学学院
土木工程
计算机科学
电气与计算机工程
机电工程
数学
应用物理及材料工程研究院
应用物理与材料工程
中医医学研究学
澳门大学与全球多所大学建立了交流项目和学分互认协定，为学生提供了国际化的学习环境。