怀化市的本科学校有以下几所：
怀化学院 主管部门：
湖南省教育厅
所在地：湖南省怀化市
办学层次：本科
备注：怀化学院是一所由湖南省人民政府举办、湖南省教育厅主管的全日制普通本科院校，由湖南农业大学对口支援。学院前身为1958年创办的黔阳师范专科学校，历经怀化师范专科学校、怀化师范高等专科学校等阶段。2002年，学校升格为全日制普通本科院校，更名为怀化学院。学院提供文、理、工、经、管、法、教育、艺术等多学科专业。
湖南医药学院 主管部门：
湖南省教育厅
所在地：湖南省怀化市
办学层次：本科
备注：湖南医药学院是一所国家公办的全日制普通医学本科院校，直属湖南省教育厅，入选卓越医生教育培养计划。学校肇始于1912年，前身为留美归国、著名医学教育家创立的长沙红十字会看护训练所，1924年正式建立长沙仁术护病学校。1961年从长沙搬迁至安江建立黔阳地区卫生学校，1984年搬迁至怀化并更名为怀化地区卫生学校。2000年升格为怀化医学高等专科学校。2014年5月，经教育部批准升格为湖南医药学院。
总结：
怀化市的本科学校主要有怀化学院和湖南医药学院两所，分别提供本科层次的教育，且均为公办院校。