南京理工大学的三本专业包括：
自动化专业：
培养学生具备电工技术、电子技术、控制理论、自动检测与仪表、信息处理、系统工程、计算机技术与应用和网络技术等较宽广领域的工程技术基础和一定的专业知识，成为高级工程技术人才。
通信工程专业：
培养学生具备通信技术、通信系统和通信网等方面的知识，能在通信领域中从事研究、设计、制造、运营及在国民经济各部门和国防工业中从事开发、应用通信技术与设备的高级工程技术人才。
电子信息工程专业：
研究信息的获取与处理，电子设备与信息系统的设计、开发、应用和集成，是集现代电子技术、信息技术、通信技术于一体的专业。
此外，南京理工大学还有中外合作办学专业，如：
工业设计：
培养国际创新型工程师人才，毕业生应具有坚实深厚的数理基础和良好的人文素养，掌握职业生涯中可能遇到的科学技术、经济、社会等多领域各类基础知识和多种专业知识，具有系统思维和团队精神、自我学习及职业拓展能力、融入和领导多学科团队能力、在国际化环境中参与跨文化协同创新能力。
材料科学与工程（中外合作办学）：
培养国际创新型工程师人才，毕业生应具有坚实深厚的数理基础和良好的人文素养，掌握职业生涯中可能遇到的科学技术、经济、社会等多领域各类基础知识和多种专业知识，具有系统思维和团队精神、自我学习及职业拓展能力、融入和领导多学科团队能力、在国际化环境中参与跨文化协同创新能力，具有良好的多种专业和工作环境的适应性。
机械工程（中外合作办学）：
培养国际创新型工程师人才，毕业生应具有坚实深厚的数理基础和良好的人文素养，掌握职业生涯中可能遇到的科学技术、经济、社会等多领域各类基础知识和多种专业知识，具有系统思维和团队精神、自我学习及职业拓展能力、融入和领导多学科团队能力、在国际化环境中参与跨文化协同创新能力，具有良好的多种专业和工作环境的适应性。
建议学生在选择专业时，可以综合考虑自己的兴趣和职业规划，同时参考南京理工大学的官方数据和专业的就业前景。