南京大学在研究型专业中的王牌专业排名前十名如下：
地质学（A++， 全国排名第1）
天文学（A++， 全国排名第1）
人工智能（A++， 全国排名第1）
环境科学（A++， 全国排名第1）
大气科学（A++， 全国排名第1）
化学（A++， 全国排名第2）
英语（A++， 全国排名第3）
哲学（A++， 全国排名第3）
历史学（A++， 全国排名第4）
软件工程（A++， 全国排名第4）
此外，南京大学还有一些特色优势专业，如物理学、新闻学、汉语言文学、地理信息科学、图书馆学、电子信息科学与技术、自然地理与资源环境、社会工作、社会学、信息管理与信息系统、会计学、考古学、声学、水文与水资源工程、金融工程、应用气象学、工业工程等，这些专业在各自的领域内也具有很高的排名和影响力。