四川三本大学的毕业证与一本和二本大学的主要区别在于：
毕业证印章：
三本院校的毕业证会带有独立学院的标志，而一本和二本专业的毕业证没有区别。三本院校作为二级学院，其毕业证上会注明“某某学校某某学院毕业”字样，而一本和二本的毕业证书上则加盖的是“某某学校毕业”字样。
学历与学制：
虽然三本和二本都是普通全日制高等教育本科毕业证，但三本毕业生所获得的学位是大专学位，而二本毕业生所获得的学位是学士学位。此外，二本的学制通常是4年，而三本的学制则为3年。
学费：
由于学制的差异，三本的学费通常比二本要高一些。
职业发展：
用人单位对于学士学位的要求较高，因此二本毕业生的就业竞争力通常比三本毕业生大。
社会认可度：
虽然三本和一本、二本的毕业证在形式上没有本质区别，但社会普遍更认可重点大学的毕业证，因此一本和二本的毕业生在求职过程中可能更具优势。
综上所述，虽然三本大学的毕业证在形式上与一本和二本大学相似，但在学历、学制、学费和社会认可度等方面存在明显的差别。建议学生在选择高等教育时，可以根据自己的职业规划和发展需求，综合考虑学校的办学实力和社会声誉。