山西医科大学目前有三个校区，分别是 川至、迎泽和中都。
川至校区：
位于山西省太原市杏花岭区五一路382号，是山西医科大学的第二临床医学院所在地，主要负责本科教学以及部分研究生教学科研。
迎泽校区：
位于山西省太原市迎泽区新建南路56号，是校本部，和山西医科大学第一医院在一块，主要是大四大五的某些专业，还有研究生和科研的地方。
中都校区：
位于山西省晋中市榆次区大学街98号，占地面积约1平方公里，主要负责本科教学及部分研究生教学科研。
此外，山西医科大学在汾阳市还有一个校区，即汾阳学院，它包括一个三本晋祠学院。