昌吉地区共有 两所三本大学，分别是：
昌吉学院 主管部门：
新疆维吾尔自治区
所在地：昌吉回族自治州
办学层次：本科
备注：昌吉学院坐落在新疆维吾尔自治区昌吉市，是区属普通高等学校。学校前身是成立于1959年的昌吉师范学校，2001年5月升格为昌吉学院。
新疆农业职业技术大学 主管部门：
新疆维吾尔自治区
所在地：昌吉回族自治州
办学层次：本科
备注：新疆农业职业技术大学是教育部公布的高校名单中的一所本科学校。
建议：
昌吉学院作为昌吉地区的本科学校，具有较高的教育质量和学术水平，是当地学子的优选之一。
新疆农业职业技术大学则侧重于农业职业技术教育，为农业行业培养专业人才。
以上信息仅供参考，具体选择还需结合个人兴趣和职业规划。