设有中医系的二本大学包括：
1. 西安交通大学
2. 青岛大学
3. 郑州大学
4. 北京中医药大学
5. 南京大学
6. 山西医科大学
7. 福建医科大学
8. 中国药科大学
9. 东南大学
10. 安徽医科大学
11. 广西医科大学
12. 新疆医科大学
13. 昆明医学院
14. 河北中医学院
15. 山西中医药大学
16. 广西中医药大学
17. 黑龙江中医药大学
18. 广州中医药大学
19. 成都中医药大学
20. 南京中医药大学
21. 山东中医药大学
22. 辽宁中医药大学
23. 浙江中医药大学
24. 福建中医药大学
25. 湖南中医药大学
26. 湖北中医药大学
27. 河南中医药大学
28. 陕西中医药大学
29. 甘肃中医药大学
30. 贵州中医药大学
31. 江西中医药大学
32. 内蒙古医科大学
33. 承德医学院
34. 桂林医学院
35. 西藏藏医药大学
36. 西南医科大学
37. 长治医学院
38. 广东医科大学
39. 山东第一医科大学
40. 遵义医科大学
41. 海南医学院
42. 锦州医科大学
这些大学在中医教育方面都有各自的优势和特色，建议根据个人兴趣、专业需求和地理位置等因素进行选择。