1999年国内大学排名榜如下：
1. 清华大学
综合得分： 100
学术声誉排名： 1
学术声誉得分： 100
论文排名： 1
论文得分： 100
新生质量排名： 1
新生质量得分： 100
师资排名： 3
师资得分： 64.038
科研经费排名： 1
科研经费得分： 100
2. 北京大学
综合得分： 82
学术声誉排名： 2
学术声誉得分： 99.612
论文排名： 3
论文得分： 45.67
新生质量排名： 2
新生质量得分： 96.89
师资排名： 8
师资得分： 44.139
科研经费排名： 2
科研经费得分： 65.699
3. 南京大学
综合得分： 81
学术声誉排名： 3
学术声誉得分： 91.863
论文排名： 未提及
论文得分： 未提及
新生质量排名： 未提及
新生质量得分： 未提及
师资排名： 未提及
师资得分： 未提及
科研经费排名： 未提及
科研经费得分： 未提及
4. 复旦大学
综合得分： 75
学术声誉排名： 4
学术声誉得分： 90.232
论文排名： 6
论文得分： 37.56
新生质量排名： 5
新生质量得分： 94.43
师资排名： 9
师资得分： 57.714
科研经费排名： 13
科研经费得分： 39.645
5. 中国科学技术大学
综合得分： 76
学术声誉排名： 5
学术声誉得分： 89.967
论文排名： 5
论文得分： 38.3
新生质量排名： 3
新生质量得分： 95.85
师资排名： 12
师资得分： 40.09
科研经费排名： 6
科研经费得分： 63.667
6. 中国协和医科大学
综合得分： 87.60
学术声誉排名： 6
学术声誉得分： 未提及
论文排名： 未提及
论文得分： 未提及
新生质量排名： 未提及
新生质量得分： 未提及
师资排名： 未提及
师资得分： 未提及
科研经费排名： 未提及
科研经费得分： 未提及
7. 浙江大学
综合得分： 79
学术声誉排名： 7
学术声誉得分： 87.357
论文排名： 4
论文得分： 40.57
新生质量排名： 6
新生质量得分： 94.32
师资排名： 27
师资得分： 50.628
科研经费排名： 2
科研经费得分： 90.486
8. 上海交通大学
综合得分： 72
学术声誉排名： 8
学术声誉得分： 85.175
论文排名： 16
论文得分： 17.37
新生质量排名： 8
新生质量得分： 93.02
师资排名： 34
师资得分： 48.136
科研经费排名： 3
科研经费得分： 76.611
9. 南开大学
综合得分：