日本的大学排名方式主要可以分为以下几种：
民间排名
日本民间有一种S-F级的等级划分法，这个等级是参考各大学学部·学科的偏差值，以及大学的传统影响力、就职情况等划分的。具体等级包括：
S级：国际超一流大学
A级：国际一流大学
B级：国内一流大学
C级：国内准一流大学
D级：国内二流大学
E级、F级：其他大学。
地区排名
日本大学通常按照地区进行排名，以地区内各大学的偏差值高低来决定顺序。这种排名方式并没有全国统一的排名标准。
国际排名
世界权威的排名机构如QS世界大学排名、世界大学学术排名（ARWU）、泰晤士高等教育世界大学排名、USNews世界大学排名等，均提供日本大学在世界排名中的情况。这些排名可以作为日本国内高校排名的重要参考。
建议
参考多个排名：由于不同排名机构的侧重点不同，建议学生参考多个排名来全面了解大学的综合情况。
关注学科偏差值：对于特定学科有兴趣的学生，可以关注学科偏差值，以了解在该学科上的表现。
地理位置：地理位置也是一个重要的参考因素，可以结合地理位置选择适合自己的大学。
这些排名方式各有侧重，综合使用可以更全面地了解日本各大学的实力和特色。