南京最好的民办大学有以下几所：
南京传媒学院：
学校评级为5，办学层次为中国一流应用型大学。南京传媒学院简称南传，位于江苏省南京市，是经教育部批准设立的全日制民办普通本科高等学校，为江苏省唯一一所传媒类应用型本科高校。
东南大学成贤学院：
学校评级为5，办学层次为中国一流应用型大学。东南大学成贤学院始创于1998年，是由“985”“211”重点建设高校东南大学用全新的办学理念和运行模式举办的独立学院。
三江学院：
学校评级为4，办学层次为中国高水平应用型大学。三江学院创办于1992年，是经教育部批准的全日制普通本科高校，是江苏省高等教育综合改革实验区、江苏省“建立现代大学制度”项目的试点高校、江苏省硕士学位研究生授权单位建设点。
这些学校在民办大学中具有较高的声誉和地位，建议根据个人兴趣和职业规划，选择最适合自己的学校。