顺义区内的三本大学包括：
1. 北京工业大学耿丹学院：成立于2005年，由北京工业大学与北京耿丹教育发展中心合作举办，是一所全日制普通本科院校。学生毕业成绩合格后，会获得北京工业大学耿丹学院颁发的毕业证书和学士学位证书。
2. 北京人文大学：这所学校在2020年也被提及为顺义区内的教育机构，但具体的办学性质和层次（是否为三本）需要进一步核实。
3. 首都医科大学燕京医学院（原北京医学高等专科学校）：这所学院是首都医科大学的一部分，提供医学相关专业的教育，也是顺义区内的教育机构之一。
建议您根据自己的兴趣和专业需求，仔细考察每所学校的办学资质和教学质量，以做出最适合自己的选择。