广州医科大学附属第一医院
拥有广州呼吸疾病研究所，是呼吸疾病国家重点实验室、广东省呼吸疾病重点实验室、国家药物临床试验机构。学科带头人为钟南山院士。科室设立多个功能室，如呼吸专科门诊、变态反应科门诊等。
中日友好医院
呼吸与危重症医学科专治肺癌、呼吸介入和睡眠障碍，在特殊呼吸道感染危重症领域领先。
四川大学华西医院
主要诊断和治疗内科和呼吸系统的常见病、多发病，如肺炎、慢阻肺、肺心病、哮喘、呼吸衰竭、急性呼吸窘迫综合征、肺癌、气胸、胸腔积液、肺血栓栓塞症等。
北京协和医院
拥有众多我国呼吸专业的老前辈或知名教授。科室有慢性阻塞性肺疾病组、睡眠呼吸障碍组、间质性肺病组、肺癌中心、肺栓塞与肺血管疾病组、哮喘组、危重症医学组等多个学组。
上海交通大学医学院附属瑞金医院
呼吸内科拥有慢性气道疾病诊治中心、睡眠监测、疑难胸腔疾病会诊、胸腔疾病介入诊疗等诊疗中心和专病门诊。专家广泛参与制订多个诊疗指南和共识。
复旦大学附属中山医院
科室有呼吸危重症、慢性气道疾病、肺部肿瘤和介入、肺部感染、间质性肺病等亚专科，并拥有睡眠室、支气管镜室、肺功能室等先进设施。
解放军总医院301医院
未详细列出排名情况，但作为一所综合性医院，其呼吸内科实力亦非常雄厚。
此外，2012年全国呼吸内科排名中，前五名分别为：
1. 广州南方医院
2. 上海仁济医院
3. 北京协和医院
4. 北京军区总院
5. 西安西京医院
这些排名综合了不同来源的数据，并考虑了各医院在呼吸内科领域的科研、教学、临床实力及声誉。建议您根据具体需求和兴趣，进一步了解各医院的详细情况。