海关专业最好的二本大学是 上海海关学院。上海海关学院直属于中华人民共和国海关总署，是全国唯一一所系统设置海关学科课程和专业的本科院校。学院被誉为海关界的“黄埔军校”，其专业设置和教学质量在业内具有极高的认可度。上海海关学院的专业虽不多，但个个都是精品，涵盖了海关管理、税收学、贸易监管、税务规划、法律合规等多个领域。学院与全国海关单位和大外贸公司关系紧密，为学生提供了丰富的实习和就业机会，毕业生在就业市场上具有很高的竞争力。根据最新的就业报告，上海海关学院的上届毕业生第一次就业率高达91.19%。
此外，虽然其他一些二本大学如广东财经大学、广东金融学院和南京工程学院在各自的专业领域也有很强的实力，但它们在海关专业方面的影响力和就业率与上海海关学院相比还有一定的差距。
因此，对于希望进入海关系统工作的学生来说，上海海关学院无疑是一个非常好的选择。