民办大学是否算作二本，需要根据具体情况进行分析：
民办大学的办学性质与录取批次的区别
民办大学属于办学性质，而二本属于录取批次，这两个概念是不同的。
民办本科院校经过国家评核通过也可以升级为二本院校。
民办大学的录取批次
大部分民办本科院校录取批次属于第三批，但也有个别发展比较好的民办本科院校具备录取第二批的考生资格，甚至成立博士办学点，例如西湖大学。
现在社会上还有一些野鸡民办院校鱼目混杂，国家是不承认学历的。
教育部对民办本科院校的认定
根据教育部的高校名单，全国的民办性质本科院校合计有411所，这些大学基本上都属于各省的民办二本。
社会对民办大学的认知
虽然绝大多数民办本科院校确实是属于独立学院，他们当中绝大多数都是在三本批次来招生，但是并不代表着民办本科院校当中没有二本院校。
综合以上信息，可以得出以下结论：
民办大学不完全算作二本，因为它们中大多数属于三本批次，但也有少数经过国家评核升级为二本院校。
民办大学的办学性质和录取批次是两个不同的概念，民办本科院校可以通过升级来获得二本资格。
民办大学中也有高水平大学，这些学校经过发展可以达到二本甚至更高的水平。
因此，民办大学是否算作二本，取决于其是否经过国家评核升级为二本院校以及其在各省的录取批次。部分民办大学已经具备二本资格，而大多数仍然属于三本批次。