吉首大学的二本最强学科包括：
马克思主义理论：
该学科在吉首大学中具有一定的影响力，是学校的强项之一。
软件工程：
软件工程是吉首大学最好的专业之一，投档线为539分，排名前十。
生物学：
生物学也是吉首大学的一个重要学科，有一定的影响力。
社会工作：
社会工作专业在吉首大学也有一定的地位。
临床医学：
临床医学专业投档线为539分，与软件工程并列排名第一。
电子信息工程：
该专业投档线为537分，排名第三。
通信工程：
通信工程投档线为536分，排名第四。
统计学：
统计学投档线为532分，排名第五。
机械设计制造及其自动化：
该专业投档线为532分，排名第六。
金融工程：
金融工程投档线为526分，排名第七。
物理学（师范类）：
物理学（师范类）投档线为526分，排名第八。
体育教育：
体育教育专业推荐指数为4.6，排名第四。
汉语言文学：
汉语言文学专业推荐指数为4.8，排名第六。
计算机科学与技术：
计算机科学与技术专业推荐指数为4.4，排名第十。
法学：
法学专业推荐指数为4.4，排名第十。
综上所述，吉首大学的二本最强学科包括马克思主义理论、软件工程、生物学、社会工作、临床医学、电子信息工程、通信工程、统计学、机械设计制造及其自动化、金融工程、物理学（师范类）、体育教育、汉语言文学、计算机科学与技术、法学等。这些专业在学术实力、投档线和推荐指数等方面都表现优异。