三本民办大学与独立学院之间的区别主要体现在以下几个方面：
办学主体
民办大学：由社会力量或个人投资举办，具有独立的法人资格，实行董事会领导下的校长负责制。它们拥有自己的校名、组织机构、师资队伍和校园，并独立颁发毕业证书。
独立学院：由普通本科高校与社会力量合作举办，一般以本科高校为主体。独立学院通常设在某个大学的名下，可能和挂名的大学同在一个校园，也可能有师资等方面的共享和交流。独立学院具有独立法人资格，能独立承担民事责任，并独立颁发学历证书。
办学层次
民办大学：包括本科和专科，提供不同层次的高等教育。
独立学院：一定是本科，实施本科以上学历教育。
学历证书
民办大学：毕业证书上加盖的是学校校名的印章。
独立学院：毕业证书上加盖的是某某大学某某学院的印章。
学费
民办大学：学费较高，一般学费在16000-22000元/年之间。
独立学院：学费相对较低，一般学费在16000-20000元/年之间。
教学质量
民办大学：教学质量参差不齐，但有一些由知名本科高校举办的独立学院在教学质量上可能会更有保障。
独立学院：教学质量也参差不齐，但通常依托于母体高校，有一定的资源共享和交流。
就业情况
民办大学：由于社会对民办大学的认知度不同，毕业生的就业情况可能会有所差异。
独立学院：同样由于社会认知度的问题，毕业生的就业情况也会有所不同。
发展历程
民办大学：发展历程相对较长，已经形成了较为完善的教育体系。
独立学院：近年来才逐渐发展起来，部分独立学院已经面临转设或终止办学的命运。
总的来说，三本民办大学和独立学院在办学主体、办学层次、学历证书、学费、教学质量、就业情况和发展历程等方面都存在明显的区别。选择哪种类型的高等教育机构，考生和家长应根据自身的需求和情况仔细对比分析。