南京的一本大学中，档次较高的主要有以下几所：
南京大学：
南京大学是全国知名的985、211、双一流档次的名牌大学，隶属于教育部，拥有极高的全国认可度。在软科2024年排行榜中，南京大学排名全国第6名；在武书连2024年排行榜中，排名全国第11名。南京大学在全国的排名表明它是一所非常厉害的大学。
东南大学：
东南大学同样是985、211重点高校，拥有5个一级学科国家重点学科和3个国家重点实验室。在教育部学位中心2007-2009全国学科评估排名中，生物医学工程学科位列全国第1位，交通运输工程位列第2位，建筑土木工程位列第5位。此外，东南大学在多个学科进入全国前10名。
南京航空航天大学：
南京航空航天大学是211高校，虽然不是985，但在航空、航天、民航等领域具有很高的声誉和影响力。该校在多个学科上表现优异，并在2024年江苏一本大学排名中位列第三。
南京理工大学：
南京理工大学是211高校，隶属于国家工业和信息化部，拥有2个一级学科国家重点学科和4个二级学科国家重点学科。该校在科研实力、教学质量以及学生全面发展方面都有较高水平。
河海大学：
河海大学也是211高校，以水利为特色，工科为主，多学科协调发展。该校在水利工程、环境科学与工程等领域具有很高的声誉。
南京农业大学：
南京农业大学是211高校，以农业和生命科学为特色，拥有多个国家重点学科和一流的科研实力。
南京师范大学：
南京师范大学是211高校，以师范教育为特色，拥有多个国家重点学科和强大的师资力量。
这些大学在各自的领域和特色上都有出色的表现，吸引了众多学子的关注和选择。建议根据个人兴趣和职业规划，选择最适合自己的高校。