民办高校的主管部门主要是 教育局或教育厅，具体归属取决于学校的行政级别和所在地区的具体管理划分。
1. 地方教育局：通常情况下，民办高校由地方教育局管理，负责指导、协调各级教育，职责包括教育督导、评估验收、指导职业教育、学校管理等。
2. 教育厅：对于省管民办高校，即由省级教育厅主管的高等学校，这些学校通常由所在省、市、自治区的教育厅或教委主管。
3. 国务院教育行政部门：在国家级层面，国务院教育行政部门负责全国民办教育的统筹规划、综合协调和宏观管理工作。
4. 双重管理：有些情况下，民办高校可能同时受教育厅和属地教育局双重管理。
综上所述，民办高校的主管部门可能是地方教育局、教育厅或两者共同管理，具体归属需根据学校的行政级别和所在地区的具体规定确定。建议您在具体操作中咨询当地教育部门以获得最准确的信息。