南京在美术专业方面表现突出的高校主要有以下几所：
南京艺术学院
南京艺术学院在艺术类大学排名中位居第一，是江苏省唯一的综合性艺术院校，也是中国独立建制创办最早并延续至今的高等艺术学府。南京艺术学院在第四次学科评估中，美术学获得了A，设计学获得了A-，成绩非常突出。
南京师范大学
南京师范大学的美术学院是省级品牌专业，其中“美术学”和“水彩水粉”是江苏省精品课程。动画专业在全国高校连续四年排名第一，现为国家级特色专业。在学科评估中，美术学获得了A-，设计学获得了B-。
东南大学
东南大学的艺术学理论学科评为A+学科，位列全国第一。学院具有设计学和美术学2个一级学科硕士授权点。
南京航空航天大学
南京航空航天大学艺术学院依托于南航理工科背景，学院践行“学立·道通·艺致”的院训，坚持“艺工融合､双向驱动”的发展路径。学院具有设计学和美术学2个一级学科硕士授权点。
南京理工大学
南京理工大学设计艺术与传媒学院设有设计学一级学科硕士点和工业设计工程二级硕士点，其中工业设计（国家级一流本科专业建设点）和视觉传达设计（江苏省一流本科专业建设点）等专业较为突出。
根据以上排名和学科评估结果，南京在美术专业方面表现最为突出的高校为南京艺术学院和南京师范大学，这两所学校的美术专业在多个排名中均名列前茅。建议有意向报考美术专业的学生在选择学校时，可以优先考虑这两所学校。