当前自然指数大学排名中，哈佛大学位居全球高校第1位，中国科学院大学紧随其后，位于第2位。中国内地高校在前十名中占据七席，具体排名如下：
中国科学院大学- 第2位
中国科学技术大学- 第4位
浙江大学- 第5位
北京大学- 第6位
南京大学- 第8位
清华大学- 第9位
上海交通大学- 第10位
中山大学- 第11位
复旦大学- 第12位
四川大学- 第13位
这一排名基于各机构在Nature系列、Science、Cell等82种高影响力自然科学类期刊上发表的研究型论文数量和质量进行统计和分析，是衡量科研机构顶尖学术产出的重要标准之一。