日本大学排名较低的原因是多方面的，主要包括以下几点：
国际化程度不足：
日本大学在国际化方面相对保守，国际教师和国际学生占比较低，这在QS排名中是一个不利因素。
论文输出不足：
日本大学偏重职业训练，学术论文输出较少，且多用日语撰写，向国际刊物投稿的频率较低。
研究能力下降：
与海外大学相比，日本大学在创造研究环境和培养学生及年轻研究人员方面存在资金和财政上的差距，导致研究能力下降。
规模较小：
日本大学的规模普遍较小，学生和教师人数偏少，导致每年发表的论文数量相对较少。
指标局限性：
世界大学排名的指标中，“论文被引用数”及“国际化程度”是两个很重要的评分标准，而这对于日本的院校来说是相当不利的。
经费不足：
日本经济增长缓慢，政府对教育投入的热情和意愿降低，导致大学经费减少，进而影响教师的聘用和科研能力。
生源问题：
日本少子化和“宽松教育”导致本国生源不足，研究能力相对下降。
尽管日本大学在国际排名中整体表现不佳，但这并不意味着其教育水平下降。相反，日本高校在许多领域仍保持着世界前沿的地位，例如诺贝尔奖获得者数量仅次于美国。因此，排名只是参考，不能完全反映一所学校的实力。