二本和三本大学在多个方面存在区别，主要包括以下几个方面：
录取批次
二本通常是本科第二批次录取，而三本则是本科第三批次录取。
学费
二本院校的学费相对较低，而三本院校的学费较高。三本院校由于主要是独立学院和民办高校，不能获得财政资助，因此学费较昂贵。
高校性质
二本高校主要是省属本科院校和普通公办本科院校，而三本高校一般为独立学院和民办高校。
社会认可度
由于二本高校以公办为主，社会认可度较高；三本高校以民办为主，社会认可度相对较低。
教学资源和环境
二本高校通常拥有较为完善的教学设施和较强的师资力量，而三本高校在教学环境和硬件设施上可能相对落后。
就业情况
由于二本高校的社会认可度较高，就业优势相对明显。三本高校在就业市场上可能处于不利地位，尽管如此，在考研、考公务员等方面，二本和三本毕业生的资格是相同的。
毕业证书
二本和三本高校的毕业证书和学位证书在形式上相同，不标明几本，但三本院校在毕业证上通常会注明是独立学院或民办高校。
总的来说，虽然二本和三本大学在学历层次上都是本科，但在社会认可度、教学资源和就业情况等方面存在明显差异。选择二本还是三本高校，应根据个人的职业规划、学术兴趣和经济条件综合考虑。