世界大学排名低的原因可以从多个角度进行分析：
研究能力下降：
日本大学的研究能力下降是排名低的一个重要原因。这背后隐藏的一个重要原因是海外大学和日本大学在创造研究环境、培养学生和优秀的年轻研究人员方面，存在资金和财政上的差距，且这种差距逐年扩大。
国际化程度不足：
日本大学在国际化方面动力不大，国际教师和国际学生占比较低，影响排名。此外，日本社会比较封闭，大学也难免受影响，国际交流少了，视野自然就窄了。
评价标准：
排名标准多是按欧美那一套来的，未必完全适合日本的教育体系。
语言障碍：
日本大学用日语授课，这就把很多国际学生和教授挡在门外了。
经济因素：
日本经济这些年不太景气，政府对大学的投入也就跟着缩水了，没钱怎么搞科研。
规模较小：
日本大学的规模普遍较小，与欧美大学相比，学生和教师人数偏少，导致每年发表的论文数量相对较少。
论文输出不足：
日本大学偏重职业训练，学术论文输出不足，且多用日语撰写，向国际刊物投稿的频率较低。
市场对接不足：
希腊高校在国际化和市场对接等关键领域存在不足，由于缺乏英语授课的本科项目，希腊大学在吸引外国学生方面面临挑战。
综上所述，世界大学排名低的原因是多方面的，包括研究能力、国际化程度、评价标准、语言障碍、经济因素、规模、论文输出和市场对接等。各国大学需要针对这些原因进行改进，以提高其在全球排名中的位置。