民办大学的学费制定主要依据以下因素和程序：
国家政策与文件：
民办高校的学费收费标准应当参照国家和地方的相关政策文件，根据学校的实际情况进行合理确定。
办学成本：
学费标准应基于学校的办学成本，包括教学设施、师资力量、维护费用等。
市场需求：
学费的确定还需考虑市场需求和社会承受能力，确保收费标准的合理性和公平性。
教育投入：
学费应反映教育投入的情况，包括政府对教育的支持程度和学校的财务状况。
学生家庭经济实力：
学费标准应考虑学生家庭的经济实力，避免给家庭带来过重的经济负担。
审批与备案：
民办学校在确定学费标准后，需持相关证件报教育或劳动和社会保障行政部门备案，并完成备案后方可对外发布。
公示与调整：
学费标准确定后，学校应向社会公示，若需调整，必须经过审批程序，报相关主管部门审批批准后方可实施。
收费方式与管理：
学校应建立健全的学费收取程序，包括学生缴费通知、收费流程、收费项明细等，并确保学费收取的合法合规。
监督与投诉：
学校应建立完善的学费收取措施，包括财务管理人员的监督和审核、学生和家长的咨询和投诉渠道等。
综上所述，民办大学的学费制定是一个综合考量多方面因素的过程，既要确保学校的正常运转和教学质量，又要考虑学生及家庭的承受能力，并通过适当的程序和监管来保障收费的合法性和透明度。