重庆的公办二本大学中，哪些是最好的学校，这实际上取决于评价的具体标准，如学科优势、教学质量、毕业生就业率等。以下是一些被广泛认为较好的公办二本大学：
重庆医科大学：
这所大学在医药领域具有很高的声誉，是重庆市内一流的医药类二本大学。
重庆师范大学：
作为一所综合性的二本大学，重庆师范大学在师范类专业方面表现突出，同时也拥有其他多个学科的强项。
重庆理工大学：
以理工科为主，重庆理工大学在工程、技术等领域有很高的声誉，是重庆市内重要的理工类二本大学。
重庆工商大学：
这所大学涵盖了经济学、管理学、文学、工学、法学、理学、艺术学等多个学科领域，是一所高水平财经类应用研究型大学。
重庆科技学院：
以工为主，涵盖石油与化工、冶金与材料、机械与电子、安全与环保等多个特色领域，是一所多学科协调发展的高校。
长江师范学院：
作为重庆市唯一一所位于一圈两翼战略支点上的本科院校，长江师范学院在师范类专业方面具有明显优势，同时也注重应用特色的发展。
重庆文理学院：
涵盖了文学、理学、工学、管理学、教育学、农学、经济学等10个学科门类，是一所多科性、应用型、综合性大学。
四川美术学院：
在艺术领域具有很高的声誉，是重庆市内著名的艺术类专业院校。
这些大学在各自的学科领域内都有较高的教学水平和研究实力，学生可以根据自己的兴趣和职业规划选择合适的学校。建议学生在选择学校时，可以综合考虑学校的学科优势、教学质量、毕业生就业情况以及学校的地理位置等因素。