南京的二本大学中，设有生物专业的主要包括以下几所：
南京工业大学：
南京工业大学是一所以化工、材料、生物、机械等为特色的综合性大学，其生物工程专业具有较强的实力。
南京林业大学：
南京林业大学在生物科学和生物技术方面也有较好的教学和研究实力。
南京信息工程大学：
虽然主要特色在气象、环境科学等领域，但也可能涉及生物科学的相关专业。
南京中医药大学：
南京中医药大学开设有生物技术专业，并且教学质量、办学条件、师资力量等方面较为优秀。
南京理工大学：
南京理工大学的电光学院设有生物医学工程专业。
南京医科大学：
南京医科大学的基础医学院设有生物医学工程专业，且该专业在全国范围内排名靠前。
江南大学：
江南大学在生物工程、食品科学等领域有较高的声誉。
东南大学：
东南大学的生物科学与医学工程学院设有生物医学工程专业。
南京航空航天大学：
南京航空航天大学的自动化学院也设有生物医学工程专业。
南京农业大学：
南京农业大学生命科学学院在生物科学和植物学方面有着悠久的教学和科研历史。
这些大学在生物专业方面都有各自的优势和特色，建议根据个人兴趣和职业规划，选择最适合自己的学校和专业。