沈阳药科大学在药学、制药工程、药物制剂、中药学等领域享有较高的声誉，以下是其王牌专业及其在全国的排名情况：
制药工程
星级排名：A++
全国排名：第2位
药学
星级排名：A+
全国排名：第5位
中药学
星级排名：A
全国排名：第9位
约物分析
星级排名：A++
全国排名：第1位
药物化学
星级排名：A+
全国排名：第2位
药事管理
星级排名：A+
全国排名：第2位
中药制药
星级排名：A+
全国排名：第3位
葡萄与葡萄酒工程
星级排名：A+
全国排名：第3位
临床药学
星级排名：A
全国排名：第4位
药物制剂
星级排名：A
全国排名：第4位
这些专业不仅在沈阳药科大学内部具有较高的教学质量和学术研究水平，而且在全国范围内也得到了广泛认可。