在日本，大学并没有像中国一样分为一本、二本和三本这样的分类方式。京都大学作为日本最古老的大学之一，也是世界著名的高等学府之一，其水平是由其自身的学术声誉、教学质量和研究实力等因素所决定的。因此，无法简单地回答“三本京都大学”这个问题。
京都大学是世界级顶尖研究型国立综合大学，综合排名位于日本第2位。它不仅是日本文部科学省超级国际化大学计划A类顶尖校，还是指定国立大学、学术研究恳谈会、旧帝国大学、东亚研究型大学协会成员。
建议您在选择大学时，可以综合考虑学校的学术声誉、专业特色、研究实力等因素，而不是简单地以“几本”来划分。