二本大学并不都称作学院。虽然存在一些二本大学被称为学院的情况，但也有不少二本大学被称为大学，例如上海交通大学、郑州大学、西南交通大学、长安大学、海南大学、南华大学等。
高校的名称并不仅仅由招生批次决定，而是由教育部根据学校的办学规模、学科门类、师资力量、专业实力、科研成果等多方面因素综合决定。因此，一些二本大学虽然被称为学院，但这并不意味着所有二本大学都应该或只能被称为学院。
实际上，学院和大学在办学规模、学科门类、师资力量等方面存在一定差异。学院通常指门类科目较少、专业性强的高等教育机构，而大学则通常具有更广泛的学科门类和更高的办学水平。
因此，二本大学是否被称为学院，取决于其具体的办学情况、学科设置以及教育部的命名规定。