二本三本民办大学的主要区别体现在以下几个方面：
高校性质
二本高校：主要是省属本科院校和普通公办本科院校，综合实力通常低于在高考进行本科一批录取的院校。
三本高校：一般为独立学院和民办高校。
财政资助
二本高校：大都是公办高校，只要是公办高校就可以获得财政资助，因此学费相对便宜。
三本院校：都是独立学院和民办高校，都不能够获得财政资助，因此学费比较昂贵。
社会认可
二本高校：由于以公办高校居多，因此社会认可度高。
三本高校：由于以民办性质为主，因此社会认可度不高。三本社会地位相对较低，二本社会地位相对较高。
录取批次
二本高校：是本科第二批次录取。
三本高校：是本科第三批次录取。
录取分数
二本高校：录取分数比三本录取分数高。
三本高校：录取分数比二本录取分数低。
办学层次
独立学院：一定属于本科，但通常是“公办民助”或者“纯民办”范畴。
民办学院：有本科也有专科，与公办相对。
学历证书
独立学院：毕业证书上加盖的是某某大学某某学院印章。
民办学院：毕业证书上加盖的是学校校名的印章。
学生未来规划
公办二本：学生的考研成功率较高，学校更注重学生考研和学业。
民办三本：学校会更注重培养学生的实践能力，看中学生毕业后的就业情况。
师资力量
公办二本：老师通常要求名校毕业或博士以上，对师资把控严格。
民办三本：对老师的学历要求相对较低，大部分学校是研究生学历即可，但有些学校师资与一本学校共享。
需要注意的是，随着教育改革的推进，一些省份已经将二本和三本合并录取，取消了三本批次。因此，未来可能会有更多的变化和不同解读。建议在选择学校时，综合考虑个人职业规划、家庭经济情况以及学校的办学质量和社会认可度。